სპეციალური საგამოძიებო სამსახურის საგამოძიებო ქვემდებარეობა განსაზღვრულია „სპეციალური საგამოძიებო სამსახურის შესახებ“ საქართველოს კანონით, რომლის საფუძველზეც სპეციალური საგამოძიებო სამსახური გამოძიებას აწარმოებს სამართალდამცავი ორგანოს წარმომადგენლის, მოხელის ან მასთან გათანაბრებული პირის მიერ 2019 წლის 1-ელ ნოემბერს და მის შემდგომ პერიოდში ჩადენილ საქართველოს სისხლის სამართლის კოდექსით გათვალისწინებულ შემდეგ დანაშაულებზე:

· წამება, წამების მუქარა, დამამცირებელი ან არაადამიანური მოპყრობა სამსახურებრივი უფლებამოსილების ბოროტად გამოყენება ან გადამეტება, ჩადენილი ძალადობით ან იარაღის გამოყენებით, ან დაზარალებულის პირადი ღირსების შეურაცხყოფით;

· სხვა დანაშაული, რომელმაც გამოიწვია პირის სიცოცხლის მოსპობა და რომლის ჩადენის დროს ეს პირი იმყოფებოდა დროებითი მოთავსების იზოლატორში ან პენიტენციურ დაწესებულებაში ანდა ნებისმიერ სხვა ადგილას, სადაც სამართალდამცავი ორგანოს წარმომადგენლის, მოხელის ან მასთან გათანაბრებული პირის მიერ, თავისი ნების საწინააღმდეგოდ, აკრძალული ჰქონდა ადგილსამყოფლის დატოვება, ანდა აღნიშნული პირი სხვაგვარად იმყოფებოდა სახელმწიფოს ეფექტური კონტროლის ქვეშ;

· სამართალდამცავი ორგანოს წარმომადგენლის მიერ ჩადენილ სხვადასხვა სახის ძალადობრივ დანაშაულებს, რომლებიც არ არის დაკავშირებული მათი სამსახურებრივი მოვალეობის შესრულებასთან;

· ნებისმიერი პირის მიერ ადამიანის უფლებებისა და თავისუფლებების წინააღმდეგ მიმართულ დანაშაულებს ( საქართველოს სსკ-ის 153-ე−159-ე, 162-ე−163-ე და 164​⁴ მუხ.);

· საქართველოს სისხლის სამართლის კოდექსის 147-ე (განზრახ უკანონო დაკავება ან დაპატიმრება), 332-ე (სამსახურებრივი უფლებამოსილების ბოროტად გამოყენება), 333-ე (სამსახურებრივი უფლებამოსილების გადამეტება), 341-ე (სამსახურებრივი სიყალბე) და 369^​1 (სისხლის სამართლის საქმეზე მტკიცებულების ფალსიფიკაცია) მუხლებით გათვალისწინებული დანაშაულები, თუკი ეს დანაშაულები სპეციალურმა საგამოძიებო სამსახურმა გამოავლინა.

· სამსახური ასევე აწარმოებს გამოძიებას ადამიანის უფლებათა ევროპული სასამართლოს კანონიერ ძალაში შესული გადაწყვეტილებით დადგენილ ადამიანის უფლებათა და ძირითად თავისუფლებათა დაცვის კონვენციის, ან მისი დამატებითი ოქმის დარღვევის ფაქტებთან დაკავშირებით.

· სამსახური მის ქვემდებარე დანაშაულებთან დაკავშირებით, გამოკვეთს სამართალდამცავების ზოგად ტენდენციებს, გამოწვევებს და წარადგენს რეკომენდაციებს.